涨知识啦 | 我们来聊聊HIV基因亚型
发布时间：2023-12-22 13:46:33 人气：0
艾滋病病毒（HIV）具有高度变异性，以及快速复制和高重组率的特点，因此到目前已经进化出了多种不同的基因亚型。今天，就让我们一起来聊聊HIV的基因亚型。
一、HIV的基因分型
全球流行的HIV根据病毒基因序列的差异可分为两种型别：HIV-1和HIV-2。目前全世界以HIV-1流行为主。HIV-1以基因亚型多样性为显著特征，我国主要流行的也是HIV-1型病毒。所以接下来我们就重点聊聊HIV-1的基因分型。
纷繁复杂的HIV-1被分为M、N、O、P等4个组，M组在世界上广泛分布，导致艾滋病的全球流行，它又被分为A-D、F-H、J-L等基因亚型。
HIV-1不同亚型间的RNA片段重组会导致产生新的不同亚型，如流行重组型（CRF）和独特重组型（URF）。最近的第四次全国艾滋病病毒分子流行病学调查结果显示，我国HIV-1亚型此消彼长，除了A、B、C等基因亚型外，检测到较多新型重组病毒，如CRF01＿AE、CRF07＿BC、CRF08＿BC等，表明CRF毒株的产生和传播已成为推动艾滋病疫情持续蔓延的重要影响因素。
二、HIV基因亚型的分类方法
目前，我国最常用的亚型分类方法是基因测序，基因芯片和多重聚合酶链反应等其他方法使用较少。因为基因测序的方法是确定HIV亚型的金标准，下面我们一起来了解一下吧。
基因测序是将HIV全部或部分基因序列进行扩增、测序后获得HIV核苷酸序列，利用软件进行系统发育进化分析，并与标准的参考序列进行比对，通过不同的序列进化模型推断的遗传距离和系统发育树确定病毒基因亚型。
目前最常用的基因测序方法是Sanger测序法。随着测序技术的发展，高通量测序的使用也逐渐增多，又称为下一代测序（NGS）或深度测序。NGS能够一次并行对数百万个短序列读长进行序列测定，可检测在个体内病毒准种比例低于10%～20%的耐药毒株，一般需要额外的软件对大量的数据进行处理从而确定亚型。
对于HIV-1这类异质性病毒，NGS可提供比Sanger测序更高的分辨率，且更具成本效益。NGS还可以用于识别新出现的HIV-1毒株，如自2000年以来全球首个HIV新亚型——L。当代城市人员流动量大，容易出现各种亚型毒株同时分布及流行的复杂态势，因此NGS有望在不久的将来成为HIV-1基因亚型检测分析中最常用和普及的测序技术，助力艾滋病疫情防控。
参考文献
1.王陇德.艾滋病学[M].北京:北京出版社,2009.
2.GIOVANETTI M，CICCOZZI M，PAROLIN C，et al. Molecularepidemiology of HIV-1 in African countries：a comprehensive overview［J］.Pathogens，2020，9（12）：1072.
3.YAMAGUCHI J，VALLARI A，MCARTHUR C，et al. Brief report：complete genome sequence of CG-0018a-01 establishes HIV-1 subtype L［J］. J Acquir Immune Defic Syndr，2020，83（3）：319-322.
4.钟平. HIV分子流行病学研究和实践进展[J]. 新发传染病电子杂志, 2019, 4 (03): 137-144.
一、HIV的基因分型
全球流行的HIV根据病毒基因序列的差异可分为两种型别：HIV-1和HIV-2。目前全世界以HIV-1流行为主。HIV-1以基因亚型多样性为显著特征，我国主要流行的也是HIV-1型病毒。所以接下来我们就重点聊聊HIV-1的基因分型。
纷繁复杂的HIV-1被分为M、N、O、P等4个组，M组在世界上广泛分布，导致艾滋病的全球流行，它又被分为A-D、F-H、J-L等基因亚型。
HIV-1不同亚型间的RNA片段重组会导致产生新的不同亚型，如流行重组型（CRF）和独特重组型（URF）。最近的第四次全国艾滋病病毒分子流行病学调查结果显示，我国HIV-1亚型此消彼长，除了A、B、C等基因亚型外，检测到较多新型重组病毒，如CRF01＿AE、CRF07＿BC、CRF08＿BC等，表明CRF毒株的产生和传播已成为推动艾滋病疫情持续蔓延的重要影响因素。
二、HIV基因亚型的分类方法
目前，我国最常用的亚型分类方法是基因测序，基因芯片和多重聚合酶链反应等其他方法使用较少。因为基因测序的方法是确定HIV亚型的金标准，下面我们一起来了解一下吧。
基因测序是将HIV全部或部分基因序列进行扩增、测序后获得HIV核苷酸序列，利用软件进行系统发育进化分析，并与标准的参考序列进行比对，通过不同的序列进化模型推断的遗传距离和系统发育树确定病毒基因亚型。
目前最常用的基因测序方法是Sanger测序法。随着测序技术的发展，高通量测序的使用也逐渐增多，又称为下一代测序（NGS）或深度测序。NGS能够一次并行对数百万个短序列读长进行序列测定，可检测在个体内病毒准种比例低于10%～20%的耐药毒株，一般需要额外的软件对大量的数据进行处理从而确定亚型。
对于HIV-1这类异质性病毒，NGS可提供比Sanger测序更高的分辨率，且更具成本效益。NGS还可以用于识别新出现的HIV-1毒株，如自2000年以来全球首个HIV新亚型——L。当代城市人员流动量大，容易出现各种亚型毒株同时分布及流行的复杂态势，因此NGS有望在不久的将来成为HIV-1基因亚型检测分析中最常用和普及的测序技术，助力艾滋病疫情防控。
参考文献
1.王陇德.艾滋病学[M].北京:北京出版社,2009.
2.GIOVANETTI M，CICCOZZI M，PAROLIN C，et al. Molecularepidemiology of HIV-1 in African countries：a comprehensive overview［J］.Pathogens，2020，9（12）：1072.
3.YAMAGUCHI J，VALLARI A，MCARTHUR C，et al. Brief report：complete genome sequence of CG-0018a-01 establishes HIV-1 subtype L［J］. J Acquir Immune Defic Syndr，2020，83（3）：319-322.
4.钟平. HIV分子流行病学研究和实践进展[J]. 新发传染病电子杂志, 2019, 4 (03): 137-144.
